El Sistema de Misiones, Grandes Misiones y Micro Misiones actúa en los distintos niveles político territoriales, es decir, nacional, estadal y municipal, llegando a lo comunal.

Está presidido por el Presidente de la República, coordinado por el Vicepresidente Sectorial para el Área Social y respaldado por los restantes Vicepresidentes, Ministros y demás altos funcionarios ejecutivos.

Su dirección le compete al Alto Mando del Sistema, como instancia de dirección estratégica, planificación y evaluación, definir los criterios para el establecimiento de las bases de misiones.

Cuenta con una Coordinación General y una Secretaría Ejecutiva, cuyas funciones se establecerán mediante Reglamento.